Dejiny zámku sa začali písať už v 13. storočí (1208), kedy pezinský vodný hrad spolu s pôdou ,,terra bozen“- zem Pezinok, prešiel z poverenia panovníka Ondreja II. nitrianskemu županovi Tomášovi z rodu Hont-Poznanovcov. Neskôr patril pokoleniam grófov zo Svätého Jura a Pezinka, ktorí tu vládli až do polovice 16. storočia. Prvú zachovanú zmienku o hrade v Pezinku máme až z roku 1271, kedy hrad spolu s mestom obsadili vojská českého kráľa Přemysla Otakara II.
Prostredníctvom monumentálnych fresiek rytierskej sály, ktoré počas druhej svetovej vojny namaľoval pezinský maliar Augustín Bárta, možno nahliadnuť do minulosti a zoznámiť sa so slávnymi obyvateľmi pezinského zámku. Zaujímavou osobnosťou bola najmä grófka Cecília zo Svätého Jura, manželka významného uhorského veľmoža a temešvárskeho župana Štefana z Rozhanoviec. Za vlády cisára Žigmunda Luxemburského sprevádzala svojho manžela po viacerých bojiskách, najmä proti Turkom. Podľa legendy zachránila kráľa a historické fakty dokladajú, že Cecília sa stala jednou z mála žien uhorského stredoveku, ktorú panovník obdaroval vlastným majetkom.
LEGENDA O CECÍLII
Manželka grófa Štefana v bitke o hrad Golubac v Srbsku, zachránila život cisára Žigmunda, keď Turci porušili prímerie. Kráľ zostal vo vojenskom tábore pri Dunaji a hrozila mu smrť. Podľa legendy Cecília, ako veliteľka delostrelectva, zachránila život Žigmundovi tak, že delovou guľou zasiahla mohutného Turka, ktorý sa chystal kráľa zabiť. Vďaka poľskému rytierovi Závišovi a hrdinskej Cecílii sa cisár preplavil na jej lodi na bezpečný breh.
Rod svätojurských grófov vymrel a hrad v Pezinku sa spolu s panstvom od roku 1543 vrátil do správy panovníka. Ten v roku 1575 určil za záložného majiteľa chorvátskeho šľachtica a vojvodcu Jána Krušiča z Lepoglavy, ktorý si vzal za manželku krásnu Katarínu Pálffy. Počas manželstva, ktoré trvalo dlhých 21 rokov, sa však dvojici nepodarilo splodiť mužského dediča. Preto sa Katarína Pálffy po smrti manžela opäť vydala, za jeho priateľa Štefana Illešháziho. Štefan sa v roku 1603 dostal do sporu s cisárom Rudolfom II. za urážku majestátu a následne bol obvinený z vlastizrady a vyhnaný do exilu v Poľsku. O niekoľko rokov pomáhal pri presadzovaní korunovácie Mateja II. za uhorského kráľa. V pamäti Pezinka však ostal Štefan Ilešházi zapísaný ako krutý a nemilosrdný zemepán, ktorý často porušoval výsady obyvateľov mesta. Pezinok sa veľmi dlho snažil o získanie statusu slobodného kráľovského mesta, aby sa vymanil spod nadvlády šľachty na pezinskom zámku. Pretože ani Štefan a Katarína nemali deti, panstvá Pezinok a Svätý Jur sa opäť vrátili do vlastníctva panovníka.
LEGENDA O RYTIEROVI KRUŠIČOVI
Ján Krušič sa preslávil už ako mladík, pretože počas saskej vojny zachránil Karla V. Priskočil mu na pomoc, keď jeden z protivníkov namieril na cisára pušku. Ján Krušič zoťal nešťastníkovi hlavu jediným švihom. Karol V. ho povýšil na rytiera a stal sa majiteľom Pezinského panstva i hradu.
O desať rokov neskôr prejavili o panstvá záujem Katarínini synovci Štefan a Ján Pálffy. Obaja bratia však v roku 1646 krátko po sebe zomreli. O niečo neskôr, v roku 1694, si panstvá medzi sebou podelili Štefanovi vnuci, bratia Mikuláš a Ján. Po smrti Mikulášovej manželky Eleonóry Harrachovej získal hrad v roku 1693 ich mladší syn Ján, dôverný radca Márie Terézie. Ján Pálffy si v roku 1735 vymohol, aby sa pezinské a svätojurské panstvo stali dedičnými majetkami. Dovtedy ich rod Pálffy vlastnil len na základe záložnej držby. Ako odmenu za verné služby a lojalitu počas protihabsburských povstaní ho panovníčka v roku 1741 odmenila titulom uhorského palatína.
Vo vlastníctve rodu Pálffy bol hrad v Pezinku viac než tri storočia a počas ich éry sa z neho stal zámok. Aj v čase, keď boli jeho majiteľmi, však hrad chátral a pustol, pretože nikdy nebol sídelným zámkom rodu. Reprezentatívnejší vzhľad dostal Pezinský hrad až v druhej polovici 19. storočia, keď ho upravili v štýle neskorého klasicizmu, neogotiky a neorenesancie. V roku 1844 dal gróf František Pálffy na poschodí západného krídla zriadiť veľkú sálu, predchodkyňu dnešnej Zlatej sály. Hráčska vášeň grófa Františka však priviedla rodinu na mizinu a situáciu zachránil až jeho syn Ján František, ktorý majetky z dlžôb nielenže vykúpil, ale ich aj zveľaďoval. V zrenovovaných priestoroch pezinského zámku sústredil gróf vzácnu zbierku výtvarných, umeleckých i remeselných diel, ktoré - ako vyplýva z jeho testamentu - mienil sprístupniť verejnosti ako múzeum. Toto želanie však zostalo nesplnené. Po jeho smrti, v roku 1908, sa uvádza, že na Pezinskom zámku sa nachádzalo 145 malieb, grafík, miniatúr a reliéfov. Pretože gróf bol starý mládenec a nemal žiadnych priamych potomkov, po jeho smrti prepukli medzi dedičmi veľké spory o majetok.
Spor trval až do roku 1923, kedy došlo k tzv. priateľskej dohode dedičov s československým štátom. V roku 1936 dostal zámok nového vlastníka. Stalo sa ním Slovenské vinohradnícke družstvo. V septembri 1951 pôvodné vinohradnícke družstvo pohltili štátne Vinárske závody a ich súčasťou sa stala pezinská pálenica, v ktorej sa zrodilo v roku 1968 najslávnejšie československé brandy - Karpatské brandy špeciál.
LEGENDA O RYTIEROVI STIBOROVI a BRANDY
Len vďaka sile tunajšieho KBŠ vraj pred vekmi zachránil pán Hradu Beckov Stibor zo Stiboríc kráľa. V jednej z bitiek proti Turkom - potúžený brandy - preplával v ťažkom brnení Dunaj, aby mu pomohol.
Zámok v Pezinku v roku 2015 kúpil vydavateľ a publicista Štefan Šimák a začala sa jeho novodobá história. Víziou majiteľa s rodinou bolo zásadne rekonštruovať a obnoviť zdevastovaný zámok s rozkradnutým zariadením a do jeho dobových pivníc prinavrátiť výrobu vína tej najvyššej kvality. Onedlho na to vyrástli múry nového hotela, ktorý dotvoril kruh nádvoria a opäť vzkriesil unikátnu architektúru niekdajšieho stredovekého vodného hradu. Znovuzrodenie zažili aj obnovené Pálffyho apartmány, ktoré sa vďaka zachovaným dobovým fotografiám opäť podobajú tým minulým. V nádherných historických priestoroch je inštalovaná Galéria skla s umeleckými dielami najlepších slovenských, českých a svetových sklárskych majstrov, ktorá v strednej Európe nemá obdobu. Je vyvrcholením dlhoročnej vášne nového majiteľa, ktorý sa rozhodol ukázať svoju súkromnú zbierku verejnosti v stálej expozícii. Zdá sa, že po viac ako storočí sa testament grófa Jána Františka Pálffyho predsa len napĺňa...